Các vùng nước sâu hơn chia tách Borneo khỏi Sulawesi lân cận nên không có liên kết lục địa giữa hai đảo, tạo nên sự phân chia được gọi là đường Wallace giữa các vùng sinh vật châu Á và Australia-New Guinea.
Bao quanh Borneo là Biển Đông ở phía bắc và đông bắc, biển Sulu ở phía đông bắc, biển Celebes và eo biển Makassar ở phía đông, biển Java và eo biển Karimata ở phía nam. Xa về phía tây của Borneo là bán đảo Mã Lai và đảo Sumatra, về phía nam là đảo Java, về phía đông là đảo Sulawesi, về phía đông bắc là quần đảo Philippines. Borneo có diện tích 743.330 km², là đảo lớn thứ ba thế giới và lớn nhất châu Á. Đỉnh cao nhất của Borneo là núi Kinabalu tại Sabah, Malaysia, với độ cao 4.095 m. Trước khi mực nước biển dâng lên vào cuối kỷ Băng hà cuối cùng, Borneo là bộ phận của đại lục châu Á, cùng với Java và Sumatra tạo thành phần đất cao của một bán đảo kéo dài về phía đông từ bán đảo Trung Ấn ngày nay. Các vùng nước sâu hơn chia tách Borneo khỏi Sulawesi lân cận nên không có liên kết lục địa giữa hai đảo, tạo nên sự phân chia được gọi là đường Wallace giữa các vùng sinh vật châu Á và Australia-New Guinea.
Các vùng nước sâu hơn tách Borneo khỏi Sulawesi lân cận và tạo nên ranh giới giữa châu Phi và châu Âu.