Đến đầu thế kỷ XIX, nhà Nguyễn (Việt Nam) với tư cách nhà nước đã tiếp tục thực thi chủ quyền trên quần đảo.
Phía Việt Nam cho rằng các chính quyền của họ từ thế kỷ 16-18 (thời kỳ nhà Hậu Lê) đã tổ chức khai thác trên quần đảo hàng năm kéo dài theo mùa (6 tháng). Đến đầu thế kỷ XIX, nhà Nguyễn (Việt Nam) với tư cách nhà nước đã tiếp tục thực thi chủ quyền trên quần đảo. Các hoạt động thực thi chủ quyền của nhà Nguyễn được bắt đầu có thể muộn hơn các triều đại Trung Hoa nhưng với mật độ mau hơn trong thế kỷ XIX với các năm 1803, 1816, 1821, 1835, 1836, 1837, 1838, 1845, 1847 và 1856. Không chỉ là kiểm tra chớp nhoáng trên các đảo hoang nhỏ vô chủ rồi về, mà hoạt động chủ quyền cấp nhà nước của nhà Nguyễn từ năm 1816 bao gồm cả việc khảo sát đo đạc thủy trình, đo vẽ bản đồ dài ngày, xây xong sau nhiều ngày quốc tự trên đảo thuộc quần đảo Hoàng Sa, cắm bia chủ quyền và cứu hộ hàng hải quốc tế. Cuối thế kỷ 19, do suy yếu và mất nước bởi Đế quốc Pháp xâm lược, hoạt động chủ quyền của nhà Nguyễn đối với quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa cũng do đó mà bị gián đoạn.
Nhà Nguyễn sau này trao chủ quyền quần đảo cho người khác.