Vườn quốc gia Gunung Mulu tại Sarawak và Vùng đá vôi Sangkulirang-Mangkalihat tại Đông Kalimantan là các khu vực đá vôi với hàng nghìn hang động nhỏ.
Hệ thống sông dài nhất của Borneo là Kapuas tại Tây Kalimantan, với chiều dài 1.000 km. Các sông lớn khác gồm có Mahakam tại Đông Kalimantan (920 km), Barito tại Nam Kalimantan (900 km), Rajang tại Sarawak (565 km) và Kinabatangan tại Sabah (560 km). Borneo có các hệ thống hang động quan trọng, tại Sarawak có hang Clearwater với một sông ngầm thuộc nhóm dài nhất thế giới còn hang Deer là nơi trú ngụ của hơn ba triệu con dơi, phân dơi tích tụ sâu hơn 100 m. Hang Gomantong tại Sabah được mệnh danh là "hang con gián" do có hàng triệu con gián trong hang. Vườn quốc gia Gunung Mulu tại Sarawak và Vùng đá vôi Sangkulirang-Mangkalihat tại Đông Kalimantan là các khu vực đá vôi với hàng nghìn hang động nhỏ.
Các khu vực đá vôi bao gồm vườn quốc gia Gunung Mulu tại Sarawak và Vùng đá vôi Sangkulirang-Mangkalihat tại Đông Kalimantan có một vài hang động nhỏ.