Vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết chạy ra Tân Sở thuộc Quảng Trị, tại đây Tôn Thất Thuyết mượn danh nghĩa vua Hàm Nghi phát chiếu Cần Vương kêu gọi người Việt nổi dậy đánh Pháp giúp vua.
Năm 1885, phái chủ chiến trong triều đình nổi dậy tấn công quân Pháp đóng ở kinh đô Huế nhưng thất bại. Vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết chạy ra Tân Sở thuộc Quảng Trị, tại đây Tôn Thất Thuyết mượn danh nghĩa vua Hàm Nghi phát chiếu Cần Vương kêu gọi người Việt nổi dậy đánh Pháp giúp vua. Hưởng ứng lời kêu gọi này, nhiều cuộc nổi dậy đã nổ ra trong đó tiêu biểu là những cuộc khởi nghĩa ở Ba Đình của Phạm Bành và Đinh Công Tráng, khởi nghĩa Bãi Sậy do Nguyễn Thiện Thuật chỉ huy, khởi nghĩa Hương Khê của Phan Đình Phùng và Cao Thắng, khởi nghĩa ở Hưng Hóa do Nguyễn Quang Bích lãnh đạo... Phong trào vẫn tiếp tục phát triển cả sau thời gian vua Hàm Nghi bị Pháp bắt giữ (năm 1888); nó chỉ thực sự chấm dứt khi lãnh đạo cuộc nổi dậy ở Hương Khê là Phan Đình Phùng chết cuối năm 1895.
Cuộc nổi dậy của vua Hàm Nghi và Tôn Thất Thuyết đã thể hiện sự hy vọng và bất bình của người dân Việt Nam đối với sự chiếm đóng của Pháp.